Il y a de nombreuses théories sur l'origine du Ninjutsu. Il existait bien avant qu'il ne soit codifié et ne porte un nom. Pendant près de cinq siècles, l'histoire du Ninjutsu se confond avec celle des Yamabushi (guerriers de la montagne) et d'autres marginaux ayant choisi l'isolement ou l'opposition politique. Ce sont dans les régions d'Iga et Koga qu'ont émergé les premières communautés. Ces communautés vivaient en harmonie avec les lois de la nature.
Le gouvernement et le clergé, jaloux de tant d'indépendance, ont envoyé à plusieurs reprises des troupes armées pour les dissiper. Mais ceux-ci étaient parfaitement intégrés à leur environnement, et personne ne put jamais les en déloger définitivement au cours des siècles. Ces gens étaient en train de devenir des Ninja, simplement pour défendre un choix de vie. La volonté de survie favorisa la création de techniques très efficaces, même si parfois peu orthodoxes. À cette époque, ils n'étaient pas encore des mercenaires rattachés à un clan, mais des personnes libres.
Des régions d'Iga et Koga émergeront les chefs Ninja les plus célèbres. Ainsi, Daisuke NISHINA qui défait par les troupes Heike, quitta son village natal de Nagano pour se réfugier dans les replis montagneux d'Iga, dans le petit village de Togakure, dont il prit le nom. Daisuke TOGAKURE est considéré comme le maître fondateur de Togakure Ryu Ninjutsu, l'une des écoles les plus célèbres, encore représentée actuellement au Japon par Masaaki HATSUMI son 34e successeur.
Le Ninjutsu prendra sa forme définitive parallèlement à la stabilisation politique et à l'unification du Japon. De plus en plus de Ninja vont se faire mercenaires individuellement ou, plus souvent, par communautés entières pour plusieurs raisons, la principale étant l'obéissance absolue au chef du clan. Le Ninjutsu perdit lentement de son âme, mais gagna en technique pure. L'efficacité rapide et directe était désormais la règle absolue.
C'est le 3 novembre 1581 que Nobunaga ODA décida de frapper un grand coup, se désolidarisant de la communauté Ninja. Il envahit la province d'Iga avec 46 000 hommes, encerclant une troupe de 4000 Ninja. Les Ninja étaient devenus un véritable État dans l'État, rassemblés autour du château Hakuho dominant la cité d'Iga. Cela dura une semaine entière mais le nombre finit par avoir raison des Ninja. Des milliers d'entre eux furent tués mais les survivants se dissipèrent et offrirent leurs services aux Daimyo (seigneurs féodaux). Ainsi ODA avait simplement déplacé le problème... en l'amplifiant, car de cette époque les Ninja d'Iga eurent des ramifications dans l'ensemble du Japon.
Autre fait historique, un an seulement après sa victoire, ODA fut tué à Kyoto par son rival AKEUCHI, qui visait également le pouvoir central. Ieyasu TOKUGAWA, bras droit de ODA et futur Shogun (chef militaire suprème), dût alors la vie à l'aide inespérée du Ninja Hanzo HATTORI, d'une communauté d'Iga, qu'il venait pourtant de combattre. HATTORI et ses Ninja le prirent sous leur protection et lui permirent de franchir les lignes de AKEUCHI, pour regagner son quartier général à Okazaki. Lorsqu'il devint Shogun en 1603, sa protection rapprochée resta assurée par les Ninja d'HATTORI.
La signification du terme Ninjutsu peut être perçue selon différents niveaux de compréhension. Le Kanji « Nin » (
) se lit aussi « Shinobi » en japonais et englobe deux concepts. Au premier niveau, il représente l'endurance, la persévérance, la volonté. Au deuxième niveau, le sens devient : secret, caché, invisible. En séparant la partie supérieure de « Nin » () on y voit le Kanji « Ha » (
) qui veut dire lame. Ce Kanji porte aussi les traits du Kanji « To » (
) qui signifie Katana, le sabre japonais. Pour la partie inférieure, c'est le Kanji « Shin » (
) que l'on découvre. Le caractère « Shin » () veut dire esprit, âme, coeur, sentiment. Et finalement, le Kanji « Jutsu » (
) signifie art, technique, méthode.
Suite à l'analyse du mot Ninjutsu, une traduction globale pourrait être établie en fonction des attentes et des expériences de chacun. En voici quelques-unes :
Le pratiquant de Ninjutsu se nommait Ninja. Le terme Ja (Sha) signifiant : « celui qui ». Donc, celui qui est invisible, endurant, etc.
Aujourd'hui par respect pour ces gens et sachant que le pratiquant n'est que le reflet de ces ombres, nous n'employons plus le terme Ninja, mais tout simplement pratiquant de Ninjutsu.
Le Ninjutsu était une véritable contre-culture par rapport au système politique qui s'établissait au Japon à cette époque. C'est la raison pour laquelle, lors du passage des Jutsu (arts) au Do (voie), il n'y a pas eu de Nindo, toujours considéré comme marginal même après tout ces siècles passés. Par contre, les techniques guerrières du Ninjutsu associées à la philosophie Shintoïste et Bouddhiste, apportera l'émergence du « Ninpo » (
).
Le Ninjutsu est un art complet qui s'étend à toutes choses, ce qui en fait un art de vie, une méthode de progression physique, technique et spirituelle.
Le Ninjutsu ce n'est pas une recherche qui consiste à dominer les autres, ce n'est pas l'agressivité ni la violence gratuite. C'est d'abord se trouver en accord avec les lois de l'Univers, de Dieu, savoir se fondre dans les éléments, déranger le moins possible la nature pour au bout du cheminement, découvir l'Essentiel.
Aujourd'hui le Ninjutsu est pratiqué de façon à renouer avec ses véritables origines tout en s'adaptant au monde actuel. Comme un passage du Ninjutsu Hiketsu Bun écrit par Toshisugu TAKAMATSU, le dernier Grand Maître Ninja :
« En ouvrant ses yeux et son esprit, le Ninja peut pleinement suivre le changement subtil des saisons et les lois du ciel, changeant juste de ce qu'il est nécessaire, s'adaptant sans cesse, de sorte qu'à la fin il n'y ait rien qui soit une surprise pour lui. »
Le Ninjutsu est un art martial composé d'un amalgame de Ryu Ha (écoles traditionnelles). Les principaux courants de ces écoles ou styles sont le Taijutsu (techniques à mains nues), le Jujutsu (techniques souples) et le Ninki (techniques d'armes). L'épine dorsale du Ninjutsu est constituée de ces trois familles de techniques. Le Taijutsu, est quand à lui, constitué de quatre subdivisions qui sont : le Ju Taijutsu, le Daken Taijutsu, le Koppo Jutsu, le Kosshi Jutsu et le Taihen Jutsu.
Le Ju Taijutsu constitue l'ensemble des techniques souples du Taijutsu, que se soient les techniques de projection souple, les techniques de lutte (grappling), les contrôles articulaires, etc. Le Ju Taijutsu est très près du Jujutsu. En fait, la principale différence de ces deux arts n'est due qu'à leurs origines distinctes. Le Ju Taijutsu était utilisé par les clans Ninja, le Jujutsu par les Bushi et les clans de Samurai. L'élite des Samurai, membres de la classe des nobles, utilisait l'Aiki Jujutsu (Aiki Jutsu).
Le Daken Taijutsu constitue l'ensemble des techniques dures du Taijutsu, que ce soient les techniques de frappe, les points vitaux, les techniques de luxation, etc. Le Daken Taijutsu est très près du Kenpo. Le Kenpo est originaire de l'archipel des Ryu Kyu, dont Okinawa en est l'île principale. Le Daken Taijutsu, lui, est originaire du Japon.
Le Koppo Jutsu est un art qui consiste principalement en un ensemble de techniques ayant pour but de briser les os du corps humain.
Le Kosshi Jutsu est un art qui consiste principalement en un ensemble de techniques ayant pour but d'attaquer les points vitaux du corps humain.
Le Taihen Jutsu constitue l'ensemble des techniques d'esquive et d'évasion du Taijutsu. Ces techniques permettent entre autres de se libérer de certains types de projection d'une manière quelque peu acrobatique.
Voici donc un tableau descriptif expliquant la provenance des différents Ryu Ha (écoles ou style) formant la nomenclature du Ninjutsu:
Ainsi que divers éléments de l'Iga Ryu et du Koga Ryu.
1 Le Ju Taijutsu peut être considéré comme étant une forme de Jujutsu.
2 L'Asayama Ichiden Ryu est en fait très près du Daito Ryu de Sokaku TAKEDA. Ses techniques sont très similaires et peut être en fait considéré comme étant une forme d'Aiki Jutsu. Ce Ryu Ha regroupe des techniques de Kenjutsu, de Iaijutsu, de Kamajutsu, de Bojutsu et de Taijutsu.
3 Le Daken Taijutsu peut être considéré comme étant une forme de Kenpo.
4 Ce Ryu Ha regroupe des techniques de Jujutsu (Ju Taijutsu), de Bojutsu (Rokushakubo et Hanbo), de Kenjutsu (O Dachi et Ko Dachi).
5 Le Yagu Shingan Ryu est considéré comme étant une forme de Yawara (ancien nom du Jujutsu et/ou Taijutsu). Ce Ryu Ha regroupe des techniques de Jujutsu (Taijutsu), de Kenjutsu, de Bojutsu, de Naginatajutsu et de Iaijutsu.
6 Ce Ryu Ha fait parti de la branche du Yamamoto Ha et est considéré comme étant une forme d'Aiki Jujutsu (Aiki Jutsu).
7 Ce Ryu Ha est considéré comme étant une forme d'Aiki no Jutsu (Aiki Jutsu).
8 Le Biken Jutsu est considéré comme étant une forme de Kenjutsu (art du sabre).